Sebbene all'interno del genere Coffea siano identificate e descritte oltre 100 specie, commercialmente le diverse specie di origine sono presentate come diverse varietà di caffè e le più diffuse sono l'arabica e la robusta.
Specie coltivate
Le specie di caffè coltivate su grande scala sono tre: Coffea arabica, Coffea canephora e, in minor misura, Coffea liberica. Una decina vengono coltivate localmente.
Le specie differiscono per gusto, contenuto di caffeina, e adattabilità a climi e terreni diversi da quelli di origine. Ricordiamo che tutte le specie coltivate esistono ancora, nelle zone d'origine, allo stato selvatico. È però anche vero che sono state create artificialmente molte nuove varietà.
- Arabica. La specie che è stata usata per prima è Coffea arabica, una pianta originaria dell' Etiopia (dove il caffè viene chiamato buna), del Sudan sud-orientale e del Kenya settentrionale e in seguito diffusasi nello Yemen, luogo in cui, peraltro, si ebbero le prime tracce storiche del consumo della bevanda, nel lontano 1450 tra i seguaci del sufismo. I semi di Coffea arabica hanno un contenuto di caffeina molto inferiore a quelli delle altre specie di larga diffusione e rispetto alle altre specie è autoimpollinante, cioè autogama e inoltre predilige coltivazioni ad alta quota (tra 1000 e 2000 metri). La coltivazione di Coffea arabica fuori dei territori d'origine è iniziata molto presto, p.es. in Indonesia nel 1699.
- Robusta. Molto coltivata oggi è Coffea robusta (o Coffea canephora, nome considerato scientificamente più corretto ma poco usato commercialmente). È una specie originaria dell'Africa tropicale, tra l'Uganda e la Guinea, molto adattabile (cresce anche a quote inferiori ai 700 metri) e perciò più economica. La sua coltivazione è iniziata solo nell' Ottocento. È una pianta allogama, quindi richiede impollinazioni incrociate che la possono differenziare geneticamente con più facilità rispetto alla arabica.
- Liberica. Tra le specie di coltura meno diffusa, la più importante è Coffea liberica, originaria della Liberia e coltivata, oltre che in Africa occidentale, soprattutto in Indonesia e nelle Filippine.
- Excelsa
Nel 1903 è stata scoperta in Africa una nuova specie di alberi del caffè, battezzata con il nome di Coffea excelsa. Tuttavia, successivamente, i botanici hanno ritenuto che questa specie fosse in realtà solo una varietà di Coffea liberica e il suo nome scientifico corretto è quindi Coffea liberica var. dewevrei.
La varietà continua a essere chiamata Excelsa da coltivatori e commerciali e viene considerata molto promettente.


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